据1998年1月新华社报道，褚时健的“女儿共索要和接受3630万元人民币、100万元港币、30万美元，妻子及其他亲属共收受145.5万元人民币、8万美元、3万元港币及大量贵重物品”。褚时健本人，后来被司法指控贪污和巨额财产来源不明罪。最主要的情节是，他把巨额公款直接划到自己的名下，其中一笔是174万美元，另一笔1156万美元。

　　但是，这个案子却在全社会引起了广泛的争议。

　　在经过长达四年多的调查以后，最后，云南省高级人民法院的一份据说是十易其稿的、被称为“现代法律文书的典范”的长达8000字的判决书，宣布褚时健因巨额贪污和巨额财产来源不明罪被判处无期徒刑，剥夺政治权利终身。检察机关指控的一笔1156万美元贪污，“疑罪从无”，未作认定。

　　1979年10月，褚时健出任玉溪卷烟厂厂长。此后的18年的时间里，褚时健带领团队将这个陷入亏损的小烟厂打造成亚洲最大的烟厂，为国家创造利税991亿元。当时，作为云南红塔集团的一把手，褚时健的工资水平仅相当于烟厂一个普通工人的工资，18年的工资收入总共不过60多万元。“富庙里的穷方丈”身陷囹圄，在当时成为一件让人瞩目的大事。讥讽者有之，叹息者有之，而为之抱不平者亦不乏其人。几年后，褚时健因为罹患糖尿病，于2002年得以保外就医，从此在哀牢山中种橙至今。

　　褚时健后来有如此供述：“当时新的总裁要来接任我。我想，新的总裁来接任我之后，我就得把签字权交出去了，我也苦了一辈子，不能就这样交签字权。我的为自己的将来想想，不能白苦。所以我决定私分了300多万美元，还对罗以军(褚时代的红塔集团总会计师)说，够了，这辈子都吃不完了。”

　　不过，还有一个细节颇值玩味。据财经作家苏小和表述，褚时健没有独吞贪污款。他是非常自觉地将资财分给了与他戎马生涯的兄弟们。红塔集团总会计师罗以军这样回忆私分300万美元时的情景：“褚时健对副厂长和总会计师等人说，弟兄们辛苦一场，现在有点外汇分给你们。开始时我们也觉得有些不妥，但多年来已习惯了他的威信，他的话就是圣旨。”

　　褚案引发了一个“59岁现象”，即官员“退休前捞一把”的讨论。

　　可即便如此，到近年，已经有相当有话语地位的过来人表示，“他的问题其实没有那么严重”，他“被判重了”。一些媒体人士甚至用近乎诗一般地语言对他表示同情、惋惜和为他辩护。一位论者曾这样写道——

　　1996年(褚时健被调查的第二年)，美国可口可乐公司总裁的收入为885万美元，外加2500万美元购股权；迪斯尼公司总裁年收入是850万美元，外加1.96亿美元的购股权。如果按照同样的比例，红塔集团的销售总额距离世界500强并不遥远，作为红塔集团的最高管理者，褚时健所应得到的报酬要远远超过(法院认定的贪污和不明财产)174万美元。但是，他18年的收入加奖金不过80万人民币。他每为国家贡献17万自己才得到一块钱。

　　民间如此，官方亦然，2008年的最后一天，云南当地媒体发布的“改革开放30年影响云南30人物”中，褚时健排名第5。

　　橙王，褚时健的逆袭

　　2002年，保外就医的褚时健承包了一片2400亩的荒山，种起了橙子，而这一年他已经70多岁。但10年后，2400亩“雷响地”，已经成为拥有35万株冰糖橙，固定资产8000万元，年利润3000万元，拥有完备道路规划和水利设施的现代农业示范基地，84岁的褚时健则再次成为亿万富翁。

　　关于种橙的理由，媒体报道的有这样几种：一是，身体原因，“闲下来，就不行了”。据褚时健表述，2001年刚保外就医的时候，他的糖尿病很严重，头眩晕，虽然坐牢只有一年多，但对身体影响太大，“如果闲下来，我身体肯定不行了。”；二是，心里不平衡。“现在的国企老总一年收入几百万、上千万，我也不想晚年过得太穷困。另外，我70多岁出监狱，总得找点事做，让生活充实点。”他说；三是，否定“烟王”是靠政策论。老伴马静芬说：“以前社会上有很多人说，你褚时健搞烟厂搞得那么好，那是因为政策好，云南烟得天独厚，烟厂交给挑扁担的都成。他做果园，就是想否定这个。”

　　褚时健真实的内心世界没人能够真正触摸。不争的事实是，在大家都认为他最好的归宿是回乡颐养天年的时候，他和夫人一头扎进了荒山，做起来农民。

　　褚时健和妻子在橙园搭了工棚，吃住都在这里。他要在这块贫瘠的土地上种出极品橙子，把国外橙子比下去。

　　白手起家困难重重。橙子刚挂果时，褚时健年年都会遇到不同问题，果树不是掉果子，就是果子口感不好。这个没什么爱好的老人，买来书店所有关于果树种植的书，一本一本地看。

　　后来橙子不掉了，但口感淡而无味，既不甜也不酸，褚时健睡不着，半夜12点爬起来看书，经常弄到凌晨三四点，最后得出结论，一定是肥料结构不对。

　　这种果子褚时健不敢卖到市场上，怕砸了牌子。第二年，褚时健和技术人员改变肥料配比方法，果然，口味一下就上来了。据说，这种用烟梗、鸡粪等调制的有机肥，成本虽只有200多元，效果却赶得上1000元的化肥。